Chính phủ Liên bang Malaysia, do Tổ chức Dân tộc Mã Lai Thống nhất (UMNO) chiếm đa số, lo lắng rằng một khi Singapore vẫn còn nằm trong Liên bang, chính sách bumiputera về các đặc quyền cho người Mã Lai và các sắc dân bản địa sẽ bị xem nhẹ và do đó sẽ làm cản trở chính sách thu hẹp khoảng cách giàu nghèo giữa các nhóm sắc tộc. Một trong những mối lo ngại lớn là việc PAP tiếp tục bỏ qua sự khác biệt này khi liên tục hứa về một "Malaysia của người Malaysia" – với ý nghĩa là tất cả các dân tộc ở Malaysia sẽ được đối xử bình đẳng với danh nghĩa công dân Malaysia bất kể tình trạng kinh tế của bất kỳ dân tộc nào. Góp phần vào đó là sự lo ngại về sự thống trị về kinh tế của Cảng Singapore sẽ khiến cán cân quyền lực chính trị bị chuyển ra khỏi Kuala Lumpur, nếu Singapore vẫn còn ở Liên bang.

Chính quyền bang và liên bang cũng bất đồng về quan điểm kinh tế. Dù trước đó đã thỏa thuận thành lập một thị trường chung, Singapore vẫn tiếp tục bị hạn chế khi giao thương với phần còn lại của Malaysia. Để trả đũa, Singapore cũng không cho Sabah và Sarawak vay với mức tối đa như đã thỏa thuận để phát triển nền kinh tế của hai bang phía đông này. Tình hình dần căng thẳng đến mức hai bên bắt đầu lời qua tiếng lại với các bài diễn văn và bài báo tấn công lẫn nhau. Những người cực đoan của UMNO còn kêu gọi bắt giam Lý Quang Diệu.